Rahim iç tabakası her ay adet döngüsü ile kalınlaşır.Kalınlaşan bu tabaka, gebeliğin oluşmama durumunda belirli süre aralıkları ile vücuttan atılır. Ancak rahim iç tabakası rahim iç yüzeyi haricinde farklı bir alana yerleştiğinde alışkanlıklarını sürdürmeye devam eder ve adet döngüsüyle beraber kalınlaşır.
Bu doku yine adet döngüsü ile kanayarak vücuttan atılmaya çalışılır.
Endometriozis sorunun yerleştiği alanlar vajinayla dış ortama açılan rahmin tersine kapalı yapılardır. Kanamanın vücut dışına atılma şansı yoktur. Endometriozis de genellikle bu kapalı sistemler içerisinde karın boşluğuna ya da yumurtalık dokusuna yerleşir.
Her adet döngüsünde yaşanan bu kanama durumunun, vücut tarafından düzenlenmesi ve kanamanın yok edilmesi, ilgili alandı ciddi sorunlara yol açabilir. Bu sorunlar iltihap ve yapışıklıklardır. Yapışıklıklar ne kadar ciddi ise kadının belirtileri de o kadar şiddetli yaşanır. Ancak unutulmaması gereken, bahsettiğimiz ‘’iç kanaması durumunun’’ ciddi boyutlarda olmadığıdır. Bu sebeple endişelenmeye gerek yoktur. Adet kanaması ile vücut dışına çıkan kan genellikle oldukça az miktardır. Hayati tehlike teşkil etmez.
Ameliyat aşamasında çikolata kistleri bulundukları alandan olabildiğince temizlenmeye çalışılır. Fakat ameliyat ne kadar iyi geçerse geçsin, bölgede oldukça küçük, mikroskobik boyutlarda yapılar kalabilir. Bu yapılar yeniden büyüyebilir ve tekrar çikolata kisti belirtileri ortaya çıkabilir.
Bu sebeple de çikolata kisti tekrar ortaya çıkabilir. Bu durumda yeniden bir cerrahi girişim yapılması gerekebilir. Kimi zaman hastalara uygulanan tek bir operasyon yeterli olmaktadır ancak bazı hastalarda bu operasyonu tekrarlamak gerekebilir.
Cerrahi girişimi uygulayacak olan ekibin deneyimi ve işlemin hangi yöntemle yapıldığı, çikolata kistinin tekrarlama riskini azaltabilir ya da arttırabilir.
Çikolata kisti cidarının yakılması: kistin yalnızca içinin boşaltılması yoluyla yapılan bu operasyonda çikolata kistinin tekrarlama riski mevcuttur.
Çikolata kistleri, östrojen ve progesteron hormonlarına karşı duyarlıdır. Bu sebeple bu hormonların daha fazla üretildiği dönemlerde büyüme eğiliminde olmaktadır. Cerrahi girişim ardından geride kalmış oldukça minik yapılar dahi bu hormonların salgılandığı dönem büyüyebilirler.
Bu sebeple de işlem oldukça başarılı uygulansa mikroskobik odak riskine karşı cerrahi müdahale ek tedavi olarak yapılır. Yapılacak bu kombine tedavi (cerrahi+medikal) ile çikolata kistinin tekrar etme riski azaltılır.
Hipofiz bezi sebebiyle yumurtalıklarının baskılanmasına yardım eden GnRH analogları, östrojen ve progesteron hormonlarının üretimini durdurur. Bu sayede de geçici menopoz yaratılmış olur. Amaliyat ardından vücutta oluşturulan geçici menopoz etkisi, geride kalmış olan çikolata kisti odaklarının büyümesini engeller.
Çikolata kisti tedavisi ardından en etkin olan ve en uzun süre kullanılabilen ilaç, GnRH analoglarıdır. Ancak bu ilaçlar da altı aydan fazla kullanılamaz.
Danazol de GnRH analogları ile neredeyse aynı etkiye sahip olan bir ilaçtır. GnRH analoglarına kıyasla daha ekonomiktir. Ancak tüylenme gibi yan etkileri vardır.